生の魚介類や肉類には食中毒の原因となる菌が多く付着している。これらの食材自身は、加熱殺菌して食べたり、あまり時間を置かずに食べるなどして食中毒を防止できるが、しばしば盲点となるのはこれらを加工調理した器具に付着した菌である。調理器具の洗浄が不十分であった場合、器具上で菌が増殖してしまい、次に加工する食材に毒素とともに付着してしまうことがある。また、菌が調理器具を経由して生で食べる食材に付着してしまうこともある。包丁の柄は洗い残しやすい部分であり、注意が必要。
この問題を避けるためには、魚介類・肉類用の調理器具と、野菜など用の調理器具を分けるのが効果的である。特にまな板は一般家庭の調理においても、魚介類・肉用とその他用で分けることが強く推奨される。複数のまな板を準備するのが困難である場合、まな板の両面で使い分けるだけでも効果がある。 集団給食の調理場などではこれを徹底するために、色違いのまな板を用いるなどの工夫がなされていることが多い。
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また、できるだけ生食の食材の加工を先に行ない、肉類は最後に切り刻むように心がけることも予防につながる。（調理手順の都合でそのようにできないことも多いが。）もちろん、食材の加工ごとにこまめに調理器具を洗浄することが最も重要であることは言うまでもない。
調理器具とともに、手の洗浄も重要である。糞尿には菌が極めて多数含まれているので、調理中にトイレに行った場合には必ず石鹸で手を洗わなくてはいけない。集団調理においては、石鹸による洗浄の後に消毒用アルコールによる殺菌を義務づけているところも多い。手と同様に、食器の扱いにも注意が必要である。例えば、焼肉店などでは生肉を焼くときに用いる箸と、焼いた肉を食べる際に用いる箸は別々にすることが推奨される。
日本の水道水においてはほぼ問題になることは無いが、食材を洗う水に菌が混入していることもある。キャンプなどにおいて、川の水で洗った野菜を生食することがあるが、これには注意が必要である。また、途上国を中心とした上水道設備が十分でない地域においては、水道水も安全ではないと考えた方がよい。 これらの場合には、水を一度沸騰させてから使用するか、ポビドンヨード（イソジンガーグル）などのうがい薬（口中殺菌剤）を少し入れて使用すると食中毒を予防できる。